Prof. Dr. Martin Junkernheinrich wurde am 02. Juni 1958 in Essen geboren. Er studierte Wirtschaftswissenschaft, Sozialwissenschaften und Germanistik an den Universitäten Bochum und Duisburg. Von 1982 bis 1992 war er als wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Fakultät für Wirtschaftswissenschaft der Ruhr-Universität Bochum tätig. Im Jahr 1987 promovierte er (Dr. rer. oec.); das Thema seiner von Prof. Dr. Paul Klemmer betreuten Dissertation lautete “Gemeindefinanzen - theoretische und methodische Grundlagen ihrer Analyse”.

Seit 1983 hat er diverse Lehraufträge an der Ruhr-Universität Bochum, der Bergischen Universität Wuppertal und den Verwaltungs- und Wirtschafts-Akademien Bochum und Essen wahrgenommen, und zahlreiche Forschungsprojekte im Bereich der empirischen Wirtschafts- und Umweltforschung durchgeführt und geleitet. In den Jahren 1987, 1988 und 1993 war er als externer Mitarbeiter in finanz-, regional- und umweltpolitischen Fragen für den Sachverständigenrat zur Begutachtung der gesamtwirtschaftlichen Entwicklung in Wiesbaden tätig.

Von 1993-1997 leitete er die Abteilung Regional- und Kommunalforschung im Institut für Wirtschaftsforschung Halle (IWH), Halle/Saale und hat am Aufbau der empirischen Wirtschaftsforschung in den neuen Bundesländern mitgearbeitet. Von 1997 bis 1998 war er als Generalsekretär der Akademie für Raumforschung und Landesplanung (ARL), Hannover, tätig, bis er zum 01. April 1998 den Ruf auf eine Professur für Volkswirtschaftslehre, insbesondere Kommunalwirtschaft und Kommunalfinanzen am Fachbereich IV der Universität Trier annahm. Von 2002 bis 2005 war Prof. Junkernheinrich zudem Gastprofessor für Volkswirtschaftslehre, insbesondere Umweltökonomie an der Brandenburgischen Technischen Universität Cottbus.

2006 wurde Prof. Junkernheinrich Professor für Kommunal- und Regionalpolitik am Institut für Politikwissenschaft der Westfälischen Wilhelms-Universität Münster. Sein Lehrangebot konzentrierte sich auf Veranstaltungen zu Fragen der Kommunal- und Regionalpolitik unter besonderer Berücksichtigung ökonomischer Aspekte sowie der Umwelt- und Finanzpolitik. Im Dezember 2007 wurde er zum Direktor des Instituts für Politikwissenschaft gewählt.

Mitte 2008 folgte Prof. Junkernheinrich dem Ruf an die Technische Universität Kaiserslautern. Hier übernahm er den neu gegründeten Lehrstuhl für Stadt-, Regional- und Umweltökonomie unter besonderer Berücksichtigung finanzwissenschaftlicher Aspekte.

Prof. Junkernheinrich ist "FiFo Policy Fellow" (Finanzwissenschaftliches Forschungsinstitut an der Universität zu Köln), Mitglied der Akademie für Raumforschung und Landesplanung, der Gesellschaft für Regionalforschung, des Arbeitskreises Regionaltheorie und -politik im Verein für Socialpolitik sowie diverser Enquete- und Sachverständigenkommissionen. Er ist u. a. Mitherausgeber der Schriftenreihe "Forum Öffentliche Finanzen" sowie des Jahrbuchs für öffentliche Finanzen. Seit Juni 2019 ist Prof. Junkernheinrich Vorsitzender der Transparenzkommission des Landes Nordrhein-Westfalen.